В Германии существуют два основных закона, которые вызывают озабоченность правозащитников. Во-первых, это Закон «О пребывании иностранцев», который содержит ограничения для лиц, претендующих на получение официального статуса беженца. Этим лицам ограничена свобода передвижения (им нельзя покидать территорию федеральной земли, где они зарегистрированы как соискатели убежища), что приводит к минимизации возможностей профессионального трудоустройства.
Во-вторых, в соответствии с содержанием европейской Рамочной конвенции по защите прав национальных меньшинств, которая не содержит определения «национальное меньшинство», Германия декларировала при ее подписании, что положения указанной Конвенции на территории Германии будут применяться в отношении данов, сербов (лужичан), фризов и германских цыган. Федеральная конституция Германии не содержит каких-либо специальных указаний в отношении защиты меньшинств. Указания о данных меньшинствах есть только в конституциях федеральных земель. Таким образом, в понятие «меньшинство» в Германии не включаются «новые» меньшинства, под которыми подразумеваются группы выходцев из разных стран, переселившихся в Германию в последние десятилетия. Большей частью это турки, выходцы из бывшей Югославии, поляки, а в последние несколько лет - албанцы, иракцы и сирийцы. Официально они национальными меньшинствами не признаются, однако, в рамках действующего в ФРГ законодательства, им предоставлены возможности для развития своего языка, культуры и религии.
Однако, например поляки, численность которых на территории Германии составляет около 200 тыс. чел., и которые имеют здесь давние исторические корни (до 1940 г. польская община обладала правами национального меньшинства), не входят в эту категорию. Учитывая, что, согласно подписанному 17 июня 1991г. германо-польскому Договору о дружбе и сотрудничестве, немцы в Польше и поляки в Германии имеют одинаковые, в том числе культурные, права, этот вопрос стал причиной напряженности в отношениях двух стран.
На «новые» национальные меньшинства в Германии не распространяется действие Европейской хартии о региональных языках и языках национальных меньшинств, которую Германия ратифицировала еще в 1998 г. Таким образом, Германия, хотя и не в такой степени, как Франция, следует европейской традиции национальной и языковой унификации.
Примерно то же происходит и с религиозными общинами. Конституция ФРГ гарантирует свободу вероисповедания и беспрепятственное исповедание религии. Более того, согласно ст. 140 Основного закона ФРГ, религиозные общины обладают правом обложения налогом (т. н. «церковный налог»), который составляет 8–9% от дохода религиозных граждан. Этот налог списывается с налогооблагаемой базы и взимается финансовым управлением (Finanzamt) федеральной земли, а затем перечисляется в общину. Проблемой является то, что правом налогообложения обладают только религиозные организации, имеющие статус «публично-правовой корпорации». Данный статус подразумевает, что религиозная община, своим уставом и числом своих членов гарантирует длительный срок существования. В современной Германии таким статусом обладают христианские общины различных конфессий, включая православных и мормонов, «Свидетели Иеговы», иудеи и Союз религиозных общин, не принадлежащих ни к одной из официальной конфессий, куда входят мелкие общины и секты преимущественно христианского вероисповедания.
В то же время мусульманская община Германии, насчитывающая более 4,5 млн человек, или почти 5% населения страны, не подпадает под статус публично-правовой корпорации, хотя отвечает всем необходимым условиям для включения в указанный перечень.
Транссексуалы в Германии не могут изменить свое имя и получить юридическое признание их пола без получения психиатрического диагноза и прохождения судебной экспертизы. От них часто требуют «реально пожить» человеком того пола, кем они хотят быть (к примеру, согласно требованию страховых компаний, занимающихся медстраховкой, этот период должен составлять 18 месяцев), и лишь потом менять имя. Для полного юридического оформления смены пола с внесением соответствующих записей в документы, требуется чтобы они не менее трех лет ощущали желание сменить пол, а кроме того — еще и прошли хирургическую операцию, которая не позволит им в будущем иметь потомство (несмотря на то, что последний пункт еще в 2011 г. был признан КС неконституционным). Требование «реальной жизни» создает для транссексуалов целый ряд неудобств, учитывая, что им приходится предъявлять документы при тех или иных условиях.
Вплоть до 2015 г. в Уголовный кодекс Германии, несмотря на рекомендации международных организаций, так и не были внесены изменения с целью приравнивания расизма и иных мотивов ненависти к отягчающим обстоятельствам при совершении преступлений. Этот вопрос был передан на усмотрение судов. Однако, 19 марта 2015 года немецкий Уголовный кодекс наконец был дополнен статьей 46.2., согласно которой суды теперь обязаны учитывать мотив ненависти при вынесении приговоров.
Важным фактором, свидетельствующим о наступлении на права беженцев, явилось решение о расширении "списка безопасных стран", откуда прибывают беженцы. Это в 99 случаях из ста означает для просителей убежища из стран, признанных безопасными, депортацию на родину. Пока речь шла о балканских странах, Марокко, Тунисе и Алжире, это не вызывало сильного протеста у правозащитников, хотя во многих случаях депортированным туда грозила опасность. Однако в 2016 году в список безопасных стран в Германии (также, как и в Великобритании) попал Афганистан.
В свое оправдание официальный Берлин заявлял, что он депортирует выходцев из Афганистана только в те районы страны, которые не контролируются Талибаном, однако учитывая общую нестабильность в этой стране, неспособность афганских властей реально противостоять терроризму, это оправдание вряд ли можно считать приемлемым . По оценке Управления Верховного комиссара ООН по делам беженцев, в период с января по июнь 2016 г. жертвами терактов в Афганистане стали более 1.600 человек, более 3.500 человек получили ранения. Это больше, чем за любое другое полугодие, начиная с 2009 г. В 2016 г. дополнительно 530.000 человек стали вынужденными переселенцами. Это жители 31-й провинции из 34-х. Таким образом, общее число афганцев, вынужденных покинуть место постоянного проживания и искать убежище внутри страны, достигло 1,2 миллионов.
17 марта 2016 года в ФРГ был принят «Закон о введении системы ускоренного рассмотрения ходатайств о предоставлении убежища» (т.н. «Второй пакет законов по соискателям убежища»). Речь идет о рассмотрении дел определенной категории просителей убежища по упрощенной процедуре. Закон касается лиц, которые сфальсифицировали или исказили свои данные, уничтожили свои документы и т.д. При этом, согласно уже упоминавшейся ст. 60 Закона о пребывании иностранцев, дата депортации иностранца может быть теперь перенесена, только если депортируемый страдает тяжелым, опасным для жизни заболеванием.
Правозащитная организация «За убежище» (Pro Asyl) выступила с детальной критикой этого закона. В частности, правозащитники отметили, что многие соискатели убежища не по собственной воле не смогли сохранить свои паспорта. Более того, часть беженцев не имела возможности получить выездные документы именно по причине преследования в стране происхождения. Также юристы организации констатировали, что психологические травмы и посттравматические синдромы, вызванные войной, не признаются немецкими врачами в качестве тяжелого заболевания и не служат поводом для отсрочки депортации. В целом, организация посчитала нововведение нарушением Европейской конвенции о правах человека и Женевской конвенции о беженцах.
Многолетняя практика показывает, что в последнее время основные дискриминационные нормы в Германии приходятся на миграционное законодательство. В стране сложилась серьезная оппозиция практически любой законодательной активности в отношении беженцев и мигрантов. Крупные мигрантские и правозащитные объединения, а также наиболее влиятельная немецкая общественная организации Pro Asyl традиционно выступают с критикой практически любой законодательной инициативы в Бундестаге, считая ее либо недостаточной, либо формальной, либо лишь ухудшающей права соискателей убежища и мигрантов.
В связи со сложностью в международном передвижении граждан вследствие ограничений в рамках борьбы с пандемией в 2020-21 гг. возникли преграды на пути общения неженатых пар и въезда мигрантов, уже получивших разрешение, на территорию ФРГ. Это коснулось этнических немцев-переселенцев и, в большей степени, еврейских эмигрантов из стран бывшего СССР. Проблемы удалось преодолеть специальным решением МВД Германии. Также было внесено изменение в правила МВД относительно правового положения бинациональных пар, не заключивших официальный брак и желающих приехать в гости к своему партнеру. Нововведение допускает подтверждение факта знакомства до начала пандемии, например, посредством доказательства встреч (документы о поездках или штамп о пересечении границы), причем не только на территории Германии, но и в других странах мира, что существенно упрощает ситуацию для этой категории. Этому решению предшествовала общественная кампания в социальных сетях «любовь – это не туризм».