Антидискриминационное законодательство Чехии, несмотря на самый высокий уровень оценки, имеет, тем не менее, ряд пробелов. Частично дискриминационным следует признать Закон «О религиозных организациях» 2005 г. Чешской Республики, который существенно ограничивает право религиозных общин учреждать собственные организации—благотворительные фонды, школы и медицинские учреждения. Стоит упомянуть и ст. 405 Уголовного кодекса страны, которая предусматривает ответственность за «одобрение преступлений коммунистического режима», наряду с ответственностью за отрицание Холокоста. В условиях несовершенства закона о люстрациях, а также несовершенства определения «преступлений коммунистического режима», эта статья создает возможность для дискриминации широкого круга лиц, в том числе членов Коммунистической партии Чехии, имеющей оппозиционную фракцию в парламенте. Кроме того, уравнивание коммунистического и нацистского режимов носит явно политизированный характер, является некорректным и принижает значение Холокоста как исключительного проявления геноцида.
В 2013 г. по инициативе Министерства внутренних дел Чехии были приняты изменения в Закон «О пребывании иностранцев», которые вступили в силу с 1 января 2014 г. По мнению правозащитников, изменения в закон носят дискриминационный характер по отношению к иностранцам, поскольку:
Через пять лет после подписания Конвенции Совета Европы о предупреждении и борьбе с насилием в отношении женщин и насилием в семье (Стамбульская конвенция) в 2017 году Чешская Республика еще не ратифицировала ее. В марте 2021 года правительственный уполномоченный по правам человека заявил, что после октябрьских парламентских выборов новое правительство решит, предлагать ли парламенту ратификацию.